O Colégio São Francisco, tem uma história, um legado registrado. Há mais de 70 anos na historiografia da educação em Juazeiro do Norte.

A construção da escola iniciou-se em 20 de abril de 1954, pelos frades Capuchinhos Lombardos, com o objetivo de promover a formação humana e social da comunidade, como parte integrante do projeto evangelizador e civilizador em Juazeiro do Norte. Durante décadas, a escola passou por várias reformas, por vários diretores frades capuchinhos e por inúmeras reformulações pedagógicas, com o intuito de aprimorar o ensino e a aprendizagem.